일본의 역사에 대해서 시대별로 구분해 보면 다음과 같이 구분할 수 있다. 먼저 원시 시대 또는 고대 시대로는 조몬 시대, 야요이 시대, 야마토 시대, 나라 시대, 헤이안 시대, 다음으로 중세 시대 또는 근세 시대로 카마쿠라 시대, 무로마치 시대, 아즈치 모모야마 시대, 에도 시대 그리고 근대 시대로 메이지 시대와 다이쇼, 쇼와 시대가 있다. 이처럼 일본의 역사는 조몬 시대부터 시작한다는 것을 알 수 있다.

조몬 시대를 우리나라 말로 하면 석기 시대라고 보아도 될 것이다. 조몬 시대는 약 10,000년 정도를 지속했던 사회였다. 다른 문화권에서도 일반적인 석기 시대가 그러했듯이, 일본의 조몬 시대 역시 평등 사회였다.

수렵이나 사냥, 채집을 통하여 점점 무리 사회가 발전을 거듭하게 되었고, 인간들은 땅바닥에 구멍을 내어 만든 형태의 집인 수혈식 집을 만들고 모여 살면서 마을을 형성하기 시작하였다. 현재의 일본 영토에 인간들이 거주하기 시작한 것은 대략 35만 년 전 즈음의 일로 추정된다. 사실 일본 측에서는 50만 년 전까지로 그 연대를 앞당기려는 시도를 하고 있다고 한다.

그렇지만 실제로 현재 일본에 살고 있는 일본인들의 조상이라고 볼 수 있는 인류가 나타났던 것은 3~4만 년 전의 일이라고 한다. 일본은 일본 현생 인류의 조상에 대해서 유럽 인류의 조상으로 알려진 크로마뇽인 정도 수준으로 하려고 했다는 추측이 있다고 한다.

실제로 일본인은 고몽골인종에 속한다. 대략 10,000년 전, 전 지구에 닥쳤던 빙하기가 끝나게 되고 홍적세가 왔을 무렵, 한반도를 포함한 기타 지역에서 이동한 민족을 일컬어 일본인의 조상인 조몬인이라 부른다.

이후 본격적으로 국가로서의 활동을 시작한 야오이 시대, 우리나라 말로 이야기 하자면 청동기 문명 즈음의 시기에 한반도 중에서도 특히 마한 지역에서 수많은 이주자들이 있었는데 이들이 바로 일본 현생 인류의 주류가 되었다고 한다. 일본에서는 유전자 연구 등의 연구를 통하여 일본 현생 인류의 조상이 정말로 누구인지에 대해 집요하게 밝히려 하고 있다고 한다.